Родился 7 декабря 1899 года в деревне Кононово ныне Устюженского района Вологодской области в крестьянской семье. Окончил начальную школу и с 1911 года работал на лесозаготовках, а с 1917 года – на сельхозработах по найму.
16 марта 1919 года был призван в ряды РККА и направлен красноармейцем в отряд лыжников, а затем – на учёбу в полковую школу 11-го запасного стрелкового полка (Петроградский военный округ), после окончания которых направлен на учёбу на 7-е Петроградские пехотные курсы красных командиров. Принимал участие в боевых действиях под Нарвой и Петроградом против войск под командованием Н. Н. Юденича.
В апреле 1921 года был назначен на должность младшего командира в составе 10-го запасного стрелкового полка (Петроградский военный округ), а в июне того же года – на должность командира взвода отдельного пулемётного полка (Петроградский укреплённый район). В октябре 1923 года был направлен на учёбе сначала на 8-е Петроградские пехотные курсы, а затем – в Киевскую объединённую военную школу, после окончания которой в августе 1925 года был направлен в 138-й стрелковый полк (46-я стрелковая дивизия, Украинский военный округ), где служил на должностях командира взвода пулемётной роты, командира роты, казначея полка, командира стрелковой роты, помощника начальника штаба полка, начальника штаба и командира батальона.
В июле 1934 года был назначен на должность командира 57-го отдельного пулемётного батальона (Рыбницкий укреплённый район, Киевский военный округ), а в августе 1937 года – на должность командира 259-го стрелкового полка (87-я стрелковая дивизия). В ноябре того же года был направлен на учёбу на Высшие стрелково-тактические курсы «Выстрел», после окончания которых в августе 1938 года был назначен на должность командира 16-го стрелкового полка в составе той же дивизии.
В январе 1939 года был назначен на должность командира 61-й стрелковой дивизии (Приволжский военный округ), в августе того же года – на должность командира 129-й стрелковой дивизии, в январе 1940 года – на должность 18-й запасной бригады, а 16 июля того же года – на должность командира 154-й стрелковой дивизии.
С июля 1941 года дивизия вела оборонительные боевые действия в районе городов Рогачёв и Жлобин, а также в наступлении на Бобруйск. Вскоре дивизия в ходе Смоленского сражения принимала участие в освобождении Жлобина.
12.07.1941 г. 154-я стрелковая дивизия, которой командовал полковник Фоканов, получила приказ передислоцироваться в район Жлобина. Дивизия выбила противника со Жлобина и освободила 12 других населённых пунктов, удерживала противника практически до 17 августа 1941 г.
За умелое руководство боевыми действиями Я.С. Фоканову 31 июля 1941 г. было присвоено звание генерал-майора. В августе дивизия попала в окружение, вышла из которого в районе Губичи к 19 августа. Вскоре дивизия участвовала в оборонительных боевых действиях на восточном берегу Днепра в районе города Лоев, в сентябре – в ходе Орловско- Брянской и Тульской оборонительных операций, а в декабре – в ходе Калужской наступательной операции и освобождении Калуги.
В августе 1942 года дивизия участвовала во фронтовом контрударе против 2-й танковой армии противника в районе южнее Козельска, в результате чего противник, понеся большие потери, перешёл к обороне. За проявленное мужество и героизм личного состава в боевых действиях дивизия была преобразована в 47-ю гвардейскую, а Фоканов награждён орденом Красного Знамени. В октябре дивизия была передислоцирована в район Сталинграда.
В ноябре 1942 года был назначен на должность заместителя командующего 5-й танковой армией, а в апреле 1943 года – на должность командира 29-го гвардейского стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе Донбасской и Запорожской наступательных операций, а также в освобождении городов Барвенково и Запорожье, за что командир корпуса был награждён орденами Красного Знамени и Кутузова 2 степени.
В сентябре 1944 года назначен на должность командира 29-го стрелкового корпуса участвовал в ходе Восточно-Померанской и Млавско-Эльбингской наступательных операций, а также в освобождении городов Макув, Макув-Мазовецки, Пшасныш, Алленштайн и Браунсберг. Вскоре корпус принимал участие в боевых действиях по уничтожению хейльсбергской группировки противника, за что Фоканов был награждён орденом Кутузова 1 степени.
После окончания войны продолжал командовать 29-м стрелковым корпусом. В апреле 1947 года был направлен на учёбу на Высшие академические курсы при Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова, после окончания которых в мае 1948 года был назначен на должность помощника командующего 6-й гвардейской механизированной армии (Забайкальский военный округ), в январе 1953 года – на должность помощника командующего – начальника отдела боевой подготовки 39-й армии, дислоцированной в Порт-Артуре, а в феврале 1955 года – на должность помощника командующего войсками – начальника отдела боевой подготовки Западно-Сибирского военного округа, преобразованного в январе 1956 года в Сибирский. С марта 1957 года состоял в распоряжении главнокомандующего Сухопутными войсками и в июле того же года был назначен на должность старшего военного советника командующего войсками военного округа НОАК, а в январе 1959 года – на должность военного специалиста при военном округе – старшего группы специалистов военного округа НОАК.
В мае 1959 года вышел в запас в звании генерал-лейтенанта. Умер 9 ноября 1985 года в Новосибирске. Похоронен на Заельцовском кладбище.
